Samedi 25 mars 2006 6 25 /03 /Mars /2006 22:16
La réponse de François est :
"- Vous pourriez essayer de supprimer:
INTTYP=HONDO QMTTOL=1.0E-08 ITOL=30 ICUT=20
Cela peut sauver un peu de temps de calcul par ordinateur...

- Vous pourriez légèrement augmenter OPTTOL=1.0E-06 vers OPTTOL=1.0E-05
De tels critères de convergence aussi "resséré" ont été fixés pour obtenir  des valeurs de charge hautement reproductibles...

- Habituellement recalculer le hessien tous les 10 étapes aide à atteindre la convergence...

mes estimes, Francois
"

Par atreides - Publié dans : Exemple de calcul GAMESS (N-ACETYLGLUCOSAMINE)
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Samedi 25 mars 2006 6 25 /03 /Mars /2006 18:56
Kevin murphy écrit :
"Chers abonnés de la mailing list,
J'ai des problèmes dans l'optimisation de ma structure N-acetyl glucosamine.
Les options d'entrée que j'utilise sont listées ci-dessous. Néanmoins ma 
géométrie initiale est raisonnablement bonne parce que en utilisant ces mêmes options et critères de convergence je n'ai aucun trouble dans l'optimisation de la structure N-sulpho glucosamine (a convergé en 26 étapes). Il n'y a pas de
valeurs propres négatives rapportées dans le fichier .log pour ma structure
initiale mais chaque fois le hessian est recalculé pour un nombre d'étapes
après qu'une valeur négative de la valeur propre soit reportée, ensuite il disparaît. Le plus long que j'ai laissé l'exécution se réaliser jusqu'à maintenant est de 40 étapes et le gradient maximum n'est jamais tombé en dessous de 0.0009.
Je suis nouveau dans l'exécution de cette sorte de calculs aussi je ne sais pas
si c'est quelque chose que je fais mal ou si c'est quelque chose de particulier 
au groupe N-acetyl. Y a t'il quelque chose à résoudre à partir des composantes
de la courbe négative reportée à l'endroit de la structure où ils apparaissent ?
Est ce qui empêche la convergence? et est-il nécessaire(indispensable) d'optimiser mes structures avec un tel critère de convergence (bas)?
Toute aide ou suggestions seraient grandement appréciées.
Merci 

Kevin Murphy
"

Maintenant , le  fichier d'entrée : 

 $CONTRL  ICHARG=0 MULT=1 RUNTYP=OPTIMIZE
          MAXIT=200 UNITS=ANGS MPLEVL=0 EXETYP=RUN
          INTTYP=HONDO QMTTOL=1.0E-08 ITOL=30 ICUT=20
          SCFTYP=RHF COORD=UNIQUE                                  $END
  $DFT     DFTTYP=NONE METHOD=GRID                           $END
  $SCF     CONV=1.0E-08 FDIFF=.F.                                      $END
  $SYSTEM  TIMLIM=50000 MWORDS=8 MEMDDI=0        $END
  $STATPT  NSTEP=200 OPTTOL=1.0E-06 HESS=CALC IHREP=10   $END
  $FORCE   METHOD=ANALYTIC  VIBANL=.F.                    $END
  $BASIS   GBASIS=N31 NGAUSS=6 DIFFSP=.F. 
                   NDFUNC=1 NPFUNC=0                                        $END
  $GUESS   GUESS=HUCKEL                                                $END
Par atreides - Publié dans : Exemple de calcul GAMESS (N-ACETYLGLUCOSAMINE)
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Samedi 25 mars 2006 6 25 /03 /Mars /2006 18:24
En m'inspirant, d'un courriel à partir de la mailing list de GAMESS, je vais
faire une optimisation de géométrie de la molécule de N-ACETYLGLUCOSAMINE.
Pour l'instant,  je ne sais pas trop comment faire. Les articles risquent d'être
modifiés !
 
Par atreides - Publié dans : Actualité du blog
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Dimanche 19 mars 2006 7 19 /03 /Mars /2006 11:59

LET’S TAKE A BREAK!

Page 40

Par atreides - Publié dans : Une introduction à MCSCF (Suite)
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Dimanche 19 mars 2006 7 19 /03 /Mars /2006 11:54

! EXAM06.

! On réalise l'optimisation de la géométrie du méthylène CH2 1-A-1
! par la méthode MCSCF.

!

! Pour la géométrie de départ:

! L'énergie initiale est -37.187342653,

! L'énergie au final est E= -37.2562020559 après 14 itérations,

! La racine de la moyenne des carrés du gradient
! (RMS= Root Mean Square) est de 0.0256396.

!

! Après 4 étapes de calcul,

! L'énergie finale est de E= -37.2581791686, le RMS du gradient=0.0000013,

! r(CH)=1.1243359, ang(HCH)=98.8171674

!

$CONTRL SCFTYP=MCSCF RUNTYP=OPTIMIZE NZVAR=3 COORD=ZMT

$END

$SYSTEM TIMLIM=5 MEMORY=300000 $END

$BASIS GBASIS=STO NGAUSS=2 $END

$DATA

Méthylene...1-A-1 state...MCSCF/STO-2G

Cnv 2

C

H 1 rCH

H 1 rCH 2 aHOH

rCH=1.09

aHOH=99.0

$END

$ZMAT IZMAT(1)=1,1,2, 1,1,3, 2,2,1,3 $END

!

! Normalement on démarre un calcul MCSCF avec les orbitales SCF
! convergentes

$GUESS GUESS=HUCKEL $END

!

! 2 électrons actifs dans 2 orbitales actives.

! On doit trouver au moins 2 racines puisque l'état fondamental est 3-B-1

!

$DET NCORE=3 NACT=2 NELS=2 NSTATE=2 $END


 

 

 

Méthylène = Le méthylène est un radical bivalent de formule CH2.

RMS =   Root mean square = racine de la moyenne des carrés

Page 39

Par atreides - Publié dans : Une introduction à MCSCF (Suite)
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